En la segunda mitad del año, mientras terminaba en la última posición del Torneo Apertura, protagonizaba una gran campaña en una copa internacional. En 2010 el equipo realizó un buen Torneo Clausura 2010 con chances de haber sido campeón, pero se estancó a mediados del torneo y el campeón fue Argentinos Juniors. Se trató de la Copa Sudamericana 2010, donde Independiente eliminó a Argentinos en primera fase, a Defensor Sporting en octavos de final, y al Deportes Tolima en cuartos a través con la regla del gol de visitante.
