En 1911, Independiente fue uno de los clubes fundadores de la FAF, con el objetivo de poner en juego un nuevo campeonato de Primera División, a raíz de un conflicto entre la AAF y un conjunto de equipos. Así es como llegó a disputar torneo de Primera División 1912 de la FAF, siendo esta su primera experiencia como equipo de Primera. Su primer partido oficial de Primera División fue una victoria por 3-0 ante Kimberley, en Avellaneda.
